系统教材与最佳实践
Single-cell best practices
覆盖单细胞实验设计、预处理、注释、多样本统计和空间分析的开放教材,强调方法假设与证据边界。
适合用途
作为全站方法索引,并在每一步对照统计单位和常见误区。
- 类型
- 系统教材
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- 社区资料
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- 已检查 · 2026-08-21
workflowevidencestatistics
从 SingleCellExperiment、基础质控到降维讲解 Bioconductor 单细胞对象与工作流。
适合用途
零基础 R/Bioconductor 学习者的第一条教材路线。
- 类型
- 系统教材
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- 零基础
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- 项目官方
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- 已检查 · 2026-08-21
RBioconductorfoundation
Bioconductor 单细胞分析完整版参考书,系统覆盖质控、归一化、降维、聚类和注释。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 入门
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- 项目官方
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RBioconductorreference
面向多样本、轨迹及其他高级分析问题的 Bioconductor 进阶教材。
- 类型
- 系统教材
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- 进阶
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- 项目官方
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Radvancedmethods
系统教材与最佳实践
Cambridge Single Cell Course
以课程和练习组织单细胞分析概念,适合按教学顺序动手复现。
- 类型
- 课程
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- 大学课程
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courseRexercises
系统教材与最佳实践
Harvard HBC single-cell course (archived)
Harvard HBC 的归档单细胞课程,教学结构清楚,覆盖 R 工作流的关键环节。
使用限制
课程已归档;命令、包版本和参数必须对照当前官方文档。
- 类型
- 课程
- 难度
- 零基础
- 状态
- 已归档
- 来源
- 大学课程
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courseRarchived
系统教材与最佳实践
Galaxy single-cell training
Galaxy single-cell training 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 课程
- 难度
- 零基础
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- 社区资料
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- 已检查 · 2026-08-21
workflowdatano-code
系统教材与最佳实践
Scanpy tutorials
Scanpy 官方教程集合,围绕 AnnData 完成 Python 单细胞基础分析。
适合用途
扩展 Python/Scanpy 路线并核对当前 API。
- 类型
- 官方文档
- 难度
- 入门
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- 来源
- 项目官方
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- 已检查 · 2026-08-21
PythonScanpyAnnData
scverse 学习入口,串联 AnnData、Scanpy、scvi-tools 等 Python 生态资料。
适合用途
规划 Python 学习顺序和发现官方教程。
- 类型
- 课程
- 难度
- 零基础
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- 来源
- 项目官方
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- 已检查 · 2026-08-21
Pythonscverselearning
系统教材与最佳实践
NGS101 single-cell sequencing series
以连续文章覆盖 scRNA-seq 从 FASTQ 到高级分析,并延伸到 scATAC-seq;每篇包含原理、环境、代码、结果解释和排错。
适合用途
完成本站概念节点后,选择对应章节跟做一遍完整流程。
使用限制
社区教程,不等同于官方文档或独立最佳实践;软件版本、参数和统计设计需回到原始文档核验。
- 类型
- 课程
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 社区资料
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- 待检查
step-by-stepscRNA-seqscATAC-seqRPython
实验设计与原始数据
scRNA-seq principles
解释单细胞 RNA 测序的捕获、UMI、稀疏计数和技术差异如何影响分析。
适合用途
教材测量原理章节,先理解矩阵中的数值从何而来。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 零基础
- 状态
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- 来源
- 社区资料
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- 已检查 · 2026-08-21
UMIcaptureplatform
实验设计与原始数据
Raw data processing best practices
从 FASTQ、比对、定量到细胞识别梳理原始数据生成表达矩阵的关键决策。
适合用途
教材 FASTQ 到矩阵章节及上游流程审计。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 社区资料
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FASTQalignmentcell calling
实验设计与原始数据
Practical guide to scRNA-seq
Practical guide to scRNA-seq 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 综述/论文
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- 同行评议
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- 已检查 · 2026-08-21
designdepthbatch
实验设计与原始数据
Design and computational analysis of scRNA-seq
Design and computational analysis of scRNA-seq 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 综述/论文
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 同行评议
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designprotocolanalysis
实验设计与原始数据
False discoveries in single-cell DE
解释忽略供体层级为何会在单细胞差异表达中产生假阳性。
适合用途
教材第 12 章理解伪重复与样本感知比较。
- 类型
- 综述/论文
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 同行评议
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
pseudoreplicationDEstatistics
用于多样本单细胞研究设计,在供体数、每供体细胞数、测序深度和成本之间做功效权衡。
- 类型
- 综述/论文
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 同行评议
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- 已检查 · 2026-08-21
powerdonorsdepth
实验设计与原始数据
Biological replicates study
Biological replicates study 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 综述/论文
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- 进阶
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- 同行评议
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- 已检查 · 2026-08-21
replicatescellseffect size
实验设计与原始数据
Cell Ranger documentation
Cell Ranger documentation 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 官方文档
- 难度
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- 厂商官方文档
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10xFASTQcounts
实验设计与原始数据
NGS101: FASTQ to count matrix
从10x FASTQ命名、拆样、FastQC和Cell Ranger count讲到MTX矩阵及关键运行指标。
适合用途
单细胞路线节点2,用于把原始文件概念连接到实际命令和输出目录。
使用限制
示例围绕10x流程;其他平台的read结构、参考构建和定量工具不同。
- 类型
- 课程
- 难度
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- 社区资料
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- 待检查
FASTQCell RangerFastQC10xcount matrix
数据结构与基础流程
Seurat v5 PBMC3K guided tutorial
Seurat v5 PBMC3K guided tutorial 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 官方文档
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- 零基础
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RSeurat v5PBMC3K
Seurat 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 官方文档
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- 已检查 · 2026-08-21
RSeuratworkflow
scran vignette 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 官方文档
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- 已检查 · 2026-08-21
RnormalizationPCA
数据结构与基础流程
Normalization best practices
比较单细胞归一化目标与方法,并区分 raw、normalized 和 scaled 数据层。
适合用途
Day 9 选择并记录一条不混用数据层的流程。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 入门
- 状态
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- 社区资料
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
normalizationcountslayers
数据结构与基础流程
Feature selection best practices
讲解高变基因选择的统计动机、技术驱动因素与下游影响。
适合用途
Day 10 审计进入 PCA 的信息特征。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 入门
- 状态
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- 来源
- 社区资料
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
HVGfeaturesvariance
数据结构与基础流程
Dimensionality reduction best practices
区分 PCA 等分析表示与 UMAP 等可视化嵌入,并讨论邻居图构建。
适合用途
Day 11–12 选择 PC 并解释 UMAP 的证据边界。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 入门
- 状态
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- 社区资料
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
PCAUMAPneighbors
数据结构与基础流程
Clustering best practices
介绍基于图的聚类、分辨率、稳定性和样本组成诊断。
适合用途
Day 13 比较聚类结果而不是寻找唯一正确分辨率。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 入门
- 状态
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- 来源
- 社区资料
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
graphclustersstability
质量控制
Quality control best practices
系统讨论逐样本 QC、稳健阈值、空液滴、双细胞和环境 RNA 的诊断思路。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 社区资料
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
QCMADambient RNA
质量控制
Harvard HBC QC lesson (archived)
以 R 实操组织单细胞 QC 指标、可视化和过滤步骤的归档课程章节。
使用限制
归档内容中的阈值和软件接口不应直接复制到新项目。
- 类型
- 课程
- 难度
- 零基础
- 状态
- 已归档
- 来源
- 大学课程
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
QCRarchived
利用线粒体比例与检测基因数的联合关系建模低质量细胞概率。
- 类型
- 软件包
- 难度
- 进阶
- 状态
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- 来源
- 同行评议
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
QCmitochondrialmodel
Bioconductor 双细胞检测工具,提供可复现评分与分类流程。
适合用途
Day 7 结合预期率和 marker 证据复核 doublet。
- 类型
- 软件包
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
doubletRBioconductor
估计并校正液滴数据中的环境 RNA 污染,同时保留污染比例用于审计。
适合用途
观察到跨细胞群不合理 marker 泄漏时。
- 类型
- 软件包
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
ambient RNAcontaminationR
质量控制
NGS101: scRNA-seq QC tool comparison
在同一数据基础上比较 SoupX 与 DecontX、DoubletFinder 与 scDblFinder 的思路、调用结果和选择条件。
适合用途
单细胞路线节点4–6,在正式过滤前形成工具选择记录。
使用限制
算法一致不代表生物学正确;污染和doublet结果仍需逐样本、结合marker与实验信息复核。
- 类型
- 课程
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 社区资料
- 入口检查
- 待检查
SoupXDecontXDoubletFinderscDblFindercomparison
整合与多样本统计
OSCA Multi-sample
聚焦多样本单细胞设计、批次处理、pseudobulk、差异状态和丰度分析。
适合用途
Day 17–22 与教材多样本统计模块。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
integrationpseudobulkabundance
整合与多样本统计
Integration best practices
比较整合方法、评估指标与生物信号保留,避免只凭 UMAP 混合判断。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 社区资料
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
integrationbatchevaluation
整合与多样本统计
Seurat integration
Seurat integration 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
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摘要待深化- 类型
- 官方文档
- 难度
- 进阶
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- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
RSeuratintegration
整合与多样本统计
NGS101: integration and clustering comparison
并列演示 CCA、RPCA、Harmony、FastMNN,并从批次混合和生物信号保留两方面比较结果。
适合用途
单细胞路线节点13,用于建立整合前后对照和方法决策表。
使用限制
教程中的最佳方法不一定适用于新数据;整合不能修复完全混杂,也不能代替样本感知统计。
- 类型
- 课程
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 社区资料
- 入口检查
- 待检查
CCARPCAHarmonyFastMNNscVIclustering
整合与多样本统计
Differential expression best practices
解释单细胞条件差异分析的样本单位、pseudobulk 和模型选择。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 社区资料
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
DEpseudobulkconditions
整合与多样本统计
Compositional analysis best practices
介绍细胞组成数据的总和约束、样本层级比较和不确定性。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 社区资料
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
compositionabundancesamples
面向多样本多亚群的差异状态分析,以样本聚合计数支持条件比较。
- 类型
- 软件包
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 同行评议
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
pseudobulkdifferential stateR
为大规模单细胞 pseudobulk 数据提供线性混合模型与重复测量分析。
- 类型
- 软件包
- 难度
- 进阶
- 状态
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- 来源
- 同行评议
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
pseudobulkrepeated measuresR
Milo 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 软件包
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 同行评议
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
differential abundanceneighborhoodR
细胞注释
Annotation best practices
结合 marker、参考映射、组织背景和不确定性建立细胞注释证据链。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 社区资料
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
markersreferenceuncertainty
系统说明 SingleR 参考注释、标签诊断、参考选择和结果解释。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
SingleRmappingdiagnostics
Azimuth 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 官方文档
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 需人工复核 · 2026-08-21
referencehumanmapping
Cell Ontology 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
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摘要待深化- 类型
- 官方文档
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
ontologylabelsIDs
细胞注释
scLET recommended usage
scLET recommended usage 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
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摘要待深化- 类型
- 官方文档
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 社区资料
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
Rannotationworkflow
细胞注释
UCell matrix vignette
UCell matrix vignette 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
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摘要待深化- 类型
- 软件包
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 同行评议
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
gene setsscoringR
空间基础与平台
OSTA (Bioconductor)
空间转录组主教材,覆盖数据结构、QC、空间可视化、空间域、SVG、解卷积和邻域分析。
适合用途
作为空间学习路线骨架,从平台概念走到证据边界。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型 / 成像型
- 分辨率
- spot / bin / single-cell / subcellular
- 平台
- Visium / Xenium / CosMx
- 输入
- 表达矩阵 / 空间坐标 / 组织图像 / 转录本坐标
- 任务
- 质量控制 / 空间域 / 解卷积 / 邻域分析
- 组织图像
- 取决于具体流程
OSTARspatial
空间基础与平台
OSTA author site (fallback)
OSTA 作者维护的备用入口,在 Bioconductor 主站不可用时提供同一教材访问路径。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 社区资料
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型 / 成像型
- 分辨率
- spot / single-cell
- 平台
- Visium / Xenium
- 输入
- 表达矩阵 / 空间坐标 / 组织图像
- 任务
- 质量控制 / 空间域
- 组织图像
- 取决于具体流程
OSTAfallbackspatial
空间基础与平台
Spatial introduction
比较测序型与成像型空间技术的测量单位、分辨率、覆盖和解释限制。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 零基础
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 社区资料
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型 / 成像型
- 分辨率
- spot / bin / single-cell / subcellular
- 平台
- platform-independent
- 输入
- 表达矩阵 / 空间坐标
- 任务
- 实验设计 / 结果解释
- 组织图像
- 取决于具体流程
spatialtechnologyfoundation
空间基础与平台
SpatialExperiment vignette
说明 Bioconductor 如何在 SpatialExperiment 中组织表达、坐标、图像与样本元数据。
适合用途
Day 24 审计空间对象与坐标对应关系。
- 类型
- 官方文档
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型 / 成像型
- 分辨率
- spot / cell
- 平台
- platform-independent
- 输入
- 表达矩阵 / 空间坐标 / 组织图像
- 任务
- 数据结构
- 组织图像
- 取决于具体流程
Rcontainercoordinates
空间基础与平台
SpatialData tutorials
SpatialData tutorials 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 官方文档
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型 / 成像型
- 分辨率
- spot / cell / subcellular
- 平台
- platform-independent
- 输入
- 表达矩阵 / 空间坐标 / 组织图像 / 转录本坐标
- 任务
- 数据结构 / 配准
- 组织图像
- 取决于具体流程
Pythoncontainerimages
空间基础与平台
Space Ranger outputs (vendor official)
Space Ranger outputs (vendor official) 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 官方文档
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 厂商官方文档
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型
- 分辨率
- spot / bin
- 平台
- Visium / Visium HD
- 输入
- FASTQ / 组织图像
- 任务
- 原始处理
- 组织图像
- 需要
10xVisiumoutputs
空间基础与平台
Xenium analysis docs (vendor official)
Xenium analysis docs (vendor official) 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 官方文档
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 厂商官方文档
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 成像型
- 分辨率
- single-cell / subcellular
- 平台
- Xenium
- 输入
- 转录本坐标 / 组织图像 / 分割边界
- 任务
- 原始处理 / 分割
- 组织图像
- 需要
10xXeniumoutputs
空间基础与平台
Seurat spatial vignette
Seurat 官方 Visium 教程,演示空间对象导入、可视化、聚类和参考映射。
- 类型
- 官方文档
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型
- 分辨率
- spot
- 平台
- Visium
- 输入
- 表达矩阵 / 空间坐标 / 组织图像
- 任务
- 空间可视化 / 空间域 / 参考映射
- 组织图像
- 需要
RSeuratVisium
空间基础与平台
Emerging landscape of spatial profiling
Emerging landscape of spatial profiling 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 综述/论文
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 同行评议
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型 / 成像型
- 分辨率
- spot / cell / subcellular
- 平台
- multiple
- 输入
- 综述资料
- 任务
- 平台选择
- 组织图像
- 不需要
reviewplatformsdesign
空间基础与平台
Spatial transcriptomics for tissue structure and function
Spatial transcriptomics for tissue structure and function 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 综述/论文
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 同行评议
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型 / 成像型
- 分辨率
- spot / cell
- 平台
- multiple
- 输入
- 综述资料
- 任务
- 实验设计
- 组织图像
- 不需要
reviewtissuebiology
空间基础与平台
OSTA importing spatial data
说明如何把表达矩阵、空间坐标、组织图像和元数据导入一致的数据对象。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型 / 成像型
- 分辨率
- spot / cell
- 平台
- multiple
- 输入
- 表达矩阵 / 空间坐标 / 组织图像
- 任务
- 数据结构
- 组织图像
- 取决于具体流程
OSTAimportobjects
空间基础与平台
OSTA sequencing-based QC
针对 spot/bin 测序型数据检查计数、组织覆盖、空间伪影与图像对应。
适合用途
Day 25 Visium 或 Visium HD 质控。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型
- 分辨率
- spot / bin
- 平台
- Visium / Visium HD
- 输入
- 表达矩阵 / 空间坐标 / 组织图像
- 任务
- 质量控制
- 组织图像
- 需要
OSTAQCsequencing
空间基础与平台
OSTA imaging-based QC
针对成像型数据检查探针、转录本、细胞分割和空间异常。
适合用途
Xenium、CosMx 等成像型项目的质量检查。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 成像型
- 分辨率
- single-cell / subcellular
- 平台
- Xenium / CosMx
- 输入
- 转录本坐标 / 组织图像 / 分割边界
- 任务
- 质量控制 / 分割
- 组织图像
- 需要
OSTAQCsegmentation
空间基础与平台
OSTA sequencing intermediate processing
讲解测序型空间数据的归一化、特征选择和中间处理。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型
- 分辨率
- spot / bin
- 平台
- Visium / multiple
- 输入
- 表达矩阵 / 空间坐标
- 任务
- normalization
- 组织图像
- 取决于具体流程
OSTAnormalizationfeatures
空间基础与平台
OSTA imaging technologies introduction
介绍成像型空间转录组的探针面板、转录本坐标、分割与平台差异。
适合用途
从 spot 数据扩展到单细胞和亚细胞空间数据。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 零基础
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 成像型
- 分辨率
- single-cell / subcellular
- 平台
- Xenium / CosMx / MERFISH
- 输入
- 转录本坐标 / 组织图像
- 任务
- 平台选择
- 组织图像
- 需要
OSTAimagingplatforms
空间基础与平台
OSTA Xenium workflow
用 Xenium 数据演示导入、质控、分割复核、空间域与邻域流程。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 成像型
- 分辨率
- single-cell / subcellular
- 平台
- Xenium
- 输入
- 转录本坐标 / 组织图像 / 分割边界
- 任务
- 质量控制 / 空间域 / 邻域图
- 组织图像
- 需要
OSTAXeniumworkflow
Squidpy tutorials 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 官方文档
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型 / 成像型
- 分辨率
- spot / cell
- 平台
- multiple
- 输入
- 表达矩阵 / 空间坐标 / 组织图像
- 任务
- 邻域图 / 空间变异基因 / 空间可视化
- 组织图像
- 取决于具体流程
PythonneighborsMoran
空间分析
Spatial domains best practices
讨论空间域识别方法、评估方式及其与组织解剖区域的区别。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 社区资料
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型 / 成像型
- 分辨率
- spot / cell
- 平台
- multiple
- 输入
- 表达矩阵 / 空间坐标
- 任务
- 空间域
- 组织图像
- 取决于具体流程
domainsregionsclustering
空间分析
Spatially variable genes best practices
解释空间自相关和空间变异基因方法,并区分空间模式与条件差异表达。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 社区资料
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型 / 成像型
- 分辨率
- spot / cell
- 平台
- multiple
- 输入
- 表达矩阵 / 空间坐标
- 任务
- 空间变异基因
- 组织图像
- 不需要
SVGautocorrelationstatistics
空间分析
Spatial deconvolution best practices
比较空间解卷积的参考需求、输出含义、评估和常见失配。
适合用途
Day 28 区分标签转移分数与细胞类型比例。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 社区资料
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型
- 分辨率
- spot / bin
- 平台
- Visium / multiple
- 输入
- 表达矩阵 / 空间坐标 / 单细胞参考
- 任务
- 解卷积
- 组织图像
- 取决于具体流程
deconvolutionreferenceproportions
空间分析
Neighborhood analysis best practices
介绍细胞邻接图、富集和共定位分析,并强调邻近证据的边界。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 社区资料
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 成像型
- 分辨率
- cell
- 平台
- Xenium / MERFISH / CosMx
- 输入
- 细胞标签 / 空间坐标
- 任务
- 邻域分析
- 组织图像
- 取决于具体流程
neighborscolocalizationassociation
Tangram tutorial 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 官方文档
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型
- 分辨率
- spot
- 平台
- multiple
- 输入
- 空间表达矩阵 / 单细胞参考
- 任务
- 参考映射
- 组织图像
- 取决于具体流程
Pythonmappingreference
LIANA+ 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 软件包
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 同行评议
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型 / 成像型
- 分辨率
- spot / cell
- 平台
- multiple
- 输入
- 表达矩阵 / 空间坐标
- 任务
- 空间通信
- 组织图像
- 取决于具体流程
communicationPythonhypotheses
PASTE 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 软件包
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 同行评议
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型
- 分辨率
- spot
- 平台
- multiple
- 输入
- 表达矩阵 / 空间坐标
- 任务
- 配准
- 组织图像
- 取决于具体流程
registrationslicesalignment
覆盖测序型与成像型空间数据的综合 R 工具套件,支持域、邻域和通信等任务。
- 类型
- 软件包
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型 / 成像型
- 分辨率
- spot / bin / cell
- 平台
- Visium / Xenium / MERFISH / Stereo-seq
- 输入
- 表达矩阵 / 空间坐标 / 组织图像
- 任务
- 空间域 / 邻域图 / 空间通信
- 组织图像
- 取决于具体流程
Rspatialsuite
空间分析
OSTA clustering and annotation
统一比较空间数据中的聚类、空间域识别与细胞类型注释。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型 / 成像型
- 分辨率
- spot / cell
- 平台
- multiple
- 输入
- 表达矩阵 / 空间坐标
- 任务
- 空间域
- 组织图像
- 取决于具体流程
OSTAclusteringannotation
以人脑 Visium DLPFC 数据演示空间 QC、区域识别与结果解释。
- 类型
- 课程
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型
- 分辨率
- spot
- 平台
- Visium
- 输入
- 表达矩阵 / 空间坐标 / 组织图像
- 任务
- 质量控制 / 空间域
- 组织图像
- 需要
OSTADLPFCVisium
空间分析
OSTA spatial feature testing
介绍空间特征选择与检验问题,明确统计假设和多重检验。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型 / 成像型
- 分辨率
- spot / cell
- 平台
- multiple
- 输入
- 表达矩阵 / 空间坐标
- 任务
- 空间变异基因
- 组织图像
- 不需要
OSTASVGtesting
空间分析
OSTA spatial statistics
建立空间权重、空间自相关与局部结构统计的基础。
适合用途
理解 Moran's I 等结果依赖的邻接定义。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型 / 成像型
- 分辨率
- spot / cell
- 平台
- multiple
- 输入
- 表达矩阵 / 空间坐标
- 任务
- 空间变异基因 / 邻域图
- 组织图像
- 不需要
OSTAstatisticsautocorrelation
空间分析
Squidpy Moran's I tutorial
Squidpy Moran's I tutorial 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
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- 官方文档
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型 / 成像型
- 分辨率
- spot / cell
- 平台
- multiple
- 输入
- 表达矩阵 / 空间坐标
- 任务
- 空间变异基因
- 组织图像
- 不需要
SquidpyMoranPython
空间分析
Squidpy spatial neighbors tutorial
Squidpy spatial neighbors tutorial 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
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- 官方文档
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型 / 成像型
- 分辨率
- spot / cell
- 平台
- multiple
- 输入
- 空间坐标
- 任务
- 邻域图
- 组织图像
- 不需要
SquidpyneighborsPython
以 OSTA 框架说明 spot 解卷积的参考构建、运行与结果诊断。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型
- 分辨率
- spot
- 平台
- Visium / multiple
- 输入
- 表达矩阵 / 单细胞参考
- 任务
- 解卷积
- 组织图像
- 取决于具体流程
OSTAdeconvolutionreference
空间分析
OSTA neighborhood analysis
面向成像型空间数据构建邻域并检验细胞类型局部关联。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 成像型
- 分辨率
- single-cell
- 平台
- Xenium / CosMx
- 输入
- 细胞标签 / 空间坐标
- 任务
- 邻域分析
- 组织图像
- 取决于具体流程
OSTAneighborhoodsimaging
空间分析
OSTA cell-cell communication
讨论空间细胞通信分析的输入、配体受体假设与验证边界。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 成像型
- 分辨率
- single-cell
- 平台
- Xenium / CosMx
- 输入
- 表达矩阵 / 空间坐标
- 任务
- 空间通信
- 组织图像
- 取决于具体流程
OSTAcommunicationevidence
空间分析
OSTA cross-section registration
介绍跨切片配准、坐标变换、图像线索和误差诊断。
- 类型
- 系统教材
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
- 技术类型
- 测序型 / 成像型
- 分辨率
- spot / cell
- 平台
- multiple
- 输入
- 空间坐标 / 组织图像
- 任务
- 配准
- 组织图像
- 需要
OSTAregistrationsections
CellChat 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 软件包
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 同行评议
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
communicationligand-receptorR
inferCNV 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 软件包
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
CNVtumorreference
进阶方法
Monocle 2 documentation (historical)
Monocle 2 的历史文档,用于理解旧项目中的轨迹与伪时间实现。
使用限制
仅用于理解旧项目;新项目不要默认采用这套旧文档。
- 类型
- 官方文档
- 难度
- 进阶
- 状态
- 历史资料
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
trajectorypseudotimehistorical
omicverse 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 软件包
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
Pythonmulti-omicsspatial
plot1cell 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 软件包
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 社区资料
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
Rfigureslayout
scCustomize 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 软件包
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 社区资料
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
RSeuratplots
dittoSeq 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 软件包
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
RBioconductorplots
Scillus 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 软件包
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 社区资料
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
Rhelpersplots
scop 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。
适合用途
先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。
摘要待深化- 类型
- 软件包
- 难度
- 进阶
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 社区资料
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
Rvisualizationsingle-cell
公开数据与练习
CZ CELLxGENE Discover
可按组织、疾病和细胞类型浏览并下载标准化单细胞集合的公共入口。
- 类型
- 练习数据
- 难度
- 零基础
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
public databrowserdownload
公开数据与练习
Single Cell Expression Atlas
EBI 单细胞表达数据入口,可检索研究、表达结果与关联元数据。
- 类型
- 练习数据
- 难度
- 零基础
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 已检查 · 2026-08-21
public dataEBIbrowser
公开数据与练习
10x PBMC 3K dataset
经典小型 10x PBMC 数据集,提供可直接导入的矩阵和原始文件入口。
适合用途
完成 Seurat 或 Scanpy 第一轮端到端练习。
使用限制
单供体数据适合流程练习,不支持供体层面的条件推断。
- 类型
- 练习数据
- 难度
- 零基础
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 厂商官方文档
- 入口检查
- 待检查
数据层级 / 配套任务
- 物种
- Human
- 组织
- Peripheral blood
- 供体数
- 1
- 样本数
- 1
- 平台
- Chromium 3' v1
- 数据层级
- FASTQ and filtered matrix
- 许可证
- See 10x dataset terms
- 预计下载量
- Matrix under 100 MB; FASTQ several GB
- 配套任务
- Seurat or Scanpy introductory workflow
PBMC3K10xsmall dataset
公开数据与练习
10x human lymph node Visium dataset
带组织图像和 Space Ranger 输出的人淋巴结 Visium 示例数据。
适合用途
练习空间导入、图像配准检查、QC 和基础可视化。
- 类型
- 练习数据
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 厂商官方文档
- 入口检查
- 待检查
数据层级 / 配套任务
- 物种
- Human
- 组织
- Lymph node
- 供体数
- 1
- 样本数
- 1 section
- 平台
- Visium
- 数据层级
- Space Ranger outputs and image
- 许可证
- See 10x dataset terms
- 预计下载量
- Approximately 1-3 GB by selected files
- 配套任务
- Spatial object import, QC, and visualization
Visium10xtissue image
公开数据与练习
NCBI Gene Expression Omnibus
NCBI 通用表达数据档案,可通过 accession 获取研究元数据、处理矩阵和原始文件。
适合用途
按 accession 审计公开研究的样本设计和可复用数据层。
- 类型
- 练习数据
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 待检查
数据层级 / 配套任务
- 物种
- Multiple
- 组织
- Multiple
- 供体数
- Study dependent
- 样本数
- Study dependent
- 平台
- Multiple
- 数据层级
- Raw and processed, study dependent
- 许可证
- Study and NCBI terms
- 预计下载量
- Study dependent
- 配套任务
- Find an accession and audit its metadata
GEOarchiveaccession
公开数据与练习
Human Cell Atlas Data Portal
Human Cell Atlas 项目与数据集合入口,提供标准化的人体细胞图谱元数据和下载。
适合用途
按组织、项目和实验设计寻找多供体人类数据。
- 类型
- 练习数据
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 待检查
数据层级 / 配套任务
- 物种
- Human
- 组织
- Multiple
- 供体数
- Collection dependent
- 样本数
- Collection dependent
- 平台
- Multiple single-cell platforms
- 数据层级
- Project metadata and downloadable data
- 许可证
- Project dependent
- 预计下载量
- Collection dependent
- 配套任务
- Compare study metadata and experimental units
HCAhuman atlasportal
公开数据与练习
Broad Single Cell Portal
Broad 公共单细胞研究浏览器,可先查看细胞注释、marker 和嵌入再评估下载。
- 类型
- 练习数据
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 待检查
数据层级 / 配套任务
- 物种
- Multiple
- 组织
- Multiple
- 供体数
- Study dependent
- 样本数
- Study dependent
- 平台
- Multiple
- 数据层级
- Interactive results and selected downloads
- 许可证
- Study dependent
- 预计下载量
- Study dependent
- 配套任务
- Explore markers before selecting a dataset
Broadbrowserstudies
公开数据与练习
HuBMAP Data Portal
HuBMAP 人体组织单细胞与空间多组学入口,可按 assay、器官和数据层级筛选。
- 类型
- 练习数据
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 待检查
数据层级 / 配套任务
- 物种
- Human
- 组织
- Multiple
- 供体数
- Dataset dependent
- 样本数
- Dataset dependent
- 平台
- Single-cell and spatial multi-omics
- 数据层级
- Raw, processed, and derived data
- 许可证
- Dataset dependent
- 预计下载量
- Dataset dependent
- 配套任务
- Filter datasets by assay and data level
HuBMAPspatialhuman tissue
公开数据与练习
Visium DLPFC data via spatialLIBD
spatialLIBD 提供的 12 张人脑 DLPFC Visium 切片,是空间域分析的常用练习数据。
适合用途
配合 OSTA DLPFC 章节复现空间域流程。
- 类型
- 练习数据
- 难度
- 入门
- 状态
- 正常维护
- 来源
- 项目官方
- 入口检查
- 待检查
数据层级 / 配套任务
- 物种
- Human
- 组织
- Dorsolateral prefrontal cortex
- 供体数
- 3
- 样本数
- 12 sections
- 平台
- Visium
- 数据层级
- Processed SpatialExperiment data
- 许可证
- Artistic-2.0 package; source study terms apply
- 预计下载量
- R data package; check current package size
- 配套任务
- OSTA DLPFC domains workflow
DLPFCVisiumBioconductor