单细胞与空间组学知识库
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按任务筛选教材、官方文档、课程、软件包、综述和练习数据。厂商页面明确标记,归档资源只在说明状态后保留。

资源分类
100 项结果100 条已整理记录;入口状态最后批量检查于 2026-08-21

系统教材与最佳实践

Single-cell best practices

覆盖单细胞实验设计、预处理、注释、多样本统计和空间分析的开放教材,强调方法假设与证据边界。

适合用途

作为全站方法索引,并在每一步对照统计单位和常见误区。

类型
系统教材
难度
入门
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
workflowevidencestatistics

系统教材与最佳实践

OSCA Intro

从 SingleCellExperiment、基础质控到降维讲解 Bioconductor 单细胞对象与工作流。

适合用途

零基础 R/Bioconductor 学习者的第一条教材路线。

类型
系统教材
难度
零基础
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
RBioconductorfoundation

系统教材与最佳实践

OSCA

Bioconductor 单细胞分析完整版参考书,系统覆盖质控、归一化、降维、聚类和注释。

适合用途

完成入门后按具体问题查阅章节。

类型
系统教材
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
RBioconductorreference

系统教材与最佳实践

OSCA Advanced

面向多样本、轨迹及其他高级分析问题的 Bioconductor 进阶教材。

适合用途

已有稳定基础流程且能说明实验单位后使用。

类型
系统教材
难度
进阶
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
Radvancedmethods

系统教材与最佳实践

Cambridge Single Cell Course

以课程和练习组织单细胞分析概念,适合按教学顺序动手复现。

适合用途

配合主教材安排阶段练习。

类型
课程
难度
入门
状态
正常维护
来源
大学课程
入口检查
已检查 · 2026-08-21
courseRexercises

系统教材与最佳实践

Harvard HBC single-cell course (archived)

Harvard HBC 的归档单细胞课程,教学结构清楚,覆盖 R 工作流的关键环节。

适合用途

参考每日任务组织和基础 R 实操。

使用限制

课程已归档;命令、包版本和参数必须对照当前官方文档。

类型
课程
难度
零基础
状态
已归档
来源
大学课程
入口检查
已检查 · 2026-08-21
courseRarchived

系统教材与最佳实践

Galaxy single-cell training

Galaxy single-cell training 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
课程
难度
零基础
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
workflowdatano-code

系统教材与最佳实践

Scanpy tutorials

Scanpy 官方教程集合,围绕 AnnData 完成 Python 单细胞基础分析。

适合用途

扩展 Python/Scanpy 路线并核对当前 API。

类型
官方文档
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
PythonScanpyAnnData

系统教材与最佳实践

scverse Learn

scverse 学习入口,串联 AnnData、Scanpy、scvi-tools 等 Python 生态资料。

适合用途

规划 Python 学习顺序和发现官方教程。

类型
课程
难度
零基础
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
Pythonscverselearning

系统教材与最佳实践

NGS101 single-cell sequencing series

以连续文章覆盖 scRNA-seq 从 FASTQ 到高级分析,并延伸到 scATAC-seq;每篇包含原理、环境、代码、结果解释和排错。

适合用途

完成本站概念节点后,选择对应章节跟做一遍完整流程。

使用限制

社区教程,不等同于官方文档或独立最佳实践;软件版本、参数和统计设计需回到原始文档核验。

类型
课程
难度
入门
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
待检查
step-by-stepscRNA-seqscATAC-seqRPython

实验设计与原始数据

scRNA-seq principles

解释单细胞 RNA 测序的捕获、UMI、稀疏计数和技术差异如何影响分析。

适合用途

教材测量原理章节,先理解矩阵中的数值从何而来。

类型
系统教材
难度
零基础
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
UMIcaptureplatform

实验设计与原始数据

Raw data processing best practices

从 FASTQ、比对、定量到细胞识别梳理原始数据生成表达矩阵的关键决策。

适合用途

教材 FASTQ 到矩阵章节及上游流程审计。

类型
系统教材
难度
入门
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
FASTQalignmentcell calling

实验设计与原始数据

Practical guide to scRNA-seq

Practical guide to scRNA-seq 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
综述/论文
难度
入门
状态
正常维护
来源
同行评议
入口检查
已检查 · 2026-08-21
designdepthbatch

实验设计与原始数据

Design and computational analysis of scRNA-seq

Design and computational analysis of scRNA-seq 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
综述/论文
难度
进阶
状态
正常维护
来源
同行评议
入口检查
已检查 · 2026-08-21
designprotocolanalysis

实验设计与原始数据

False discoveries in single-cell DE

解释忽略供体层级为何会在单细胞差异表达中产生假阳性。

适合用途

教材第 12 章理解伪重复与样本感知比较。

类型
综述/论文
难度
进阶
状态
正常维护
来源
同行评议
入口检查
已检查 · 2026-08-21
pseudoreplicationDEstatistics

实验设计与原始数据

scPower

用于多样本单细胞研究设计,在供体数、每供体细胞数、测序深度和成本之间做功效权衡。

适合用途

教材第 4 章实验设计与样本量规划。

类型
综述/论文
难度
进阶
状态
正常维护
来源
同行评议
入口检查
已检查 · 2026-08-21
powerdonorsdepth

实验设计与原始数据

Biological replicates study

Biological replicates study 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
综述/论文
难度
进阶
状态
正常维护
来源
同行评议
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已检查 · 2026-08-21
replicatescellseffect size

实验设计与原始数据

Cell Ranger documentation

Cell Ranger documentation 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
官方文档
难度
入门
状态
正常维护
来源
厂商官方文档
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已检查 · 2026-08-21
10xFASTQcounts

实验设计与原始数据

NGS101: FASTQ to count matrix

从10x FASTQ命名、拆样、FastQC和Cell Ranger count讲到MTX矩阵及关键运行指标。

适合用途

单细胞路线节点2,用于把原始文件概念连接到实际命令和输出目录。

使用限制

示例围绕10x流程;其他平台的read结构、参考构建和定量工具不同。

类型
课程
难度
入门
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
待检查
FASTQCell RangerFastQC10xcount matrix

数据结构与基础流程

Seurat v5 PBMC3K guided tutorial

Seurat v5 PBMC3K guided tutorial 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
官方文档
难度
零基础
状态
正常维护
来源
项目官方
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已检查 · 2026-08-21
RSeurat v5PBMC3K

数据结构与基础流程

Seurat

Seurat 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
官方文档
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
RSeuratworkflow

数据结构与基础流程

scran vignette

scran vignette 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
官方文档
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
RnormalizationPCA

数据结构与基础流程

Normalization best practices

比较单细胞归一化目标与方法,并区分 raw、normalized 和 scaled 数据层。

适合用途

Day 9 选择并记录一条不混用数据层的流程。

类型
系统教材
难度
入门
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
normalizationcountslayers

数据结构与基础流程

Feature selection best practices

讲解高变基因选择的统计动机、技术驱动因素与下游影响。

适合用途

Day 10 审计进入 PCA 的信息特征。

类型
系统教材
难度
入门
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
HVGfeaturesvariance

数据结构与基础流程

Dimensionality reduction best practices

区分 PCA 等分析表示与 UMAP 等可视化嵌入,并讨论邻居图构建。

适合用途

Day 11–12 选择 PC 并解释 UMAP 的证据边界。

类型
系统教材
难度
入门
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
PCAUMAPneighbors

数据结构与基础流程

Clustering best practices

介绍基于图的聚类、分辨率、稳定性和样本组成诊断。

适合用途

Day 13 比较聚类结果而不是寻找唯一正确分辨率。

类型
系统教材
难度
入门
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
graphclustersstability

质量控制

Quality control best practices

系统讨论逐样本 QC、稳健阈值、空液滴、双细胞和环境 RNA 的诊断思路。

适合用途

Day 4–8 与教材质控模块的主参考。

类型
系统教材
难度
入门
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
QCMADambient RNA

质量控制

Harvard HBC QC lesson (archived)

以 R 实操组织单细胞 QC 指标、可视化和过滤步骤的归档课程章节。

适合用途

初学者理解 QC 图的阅读顺序。

使用限制

归档内容中的阈值和软件接口不应直接复制到新项目。

类型
课程
难度
零基础
状态
已归档
来源
大学课程
入口检查
已检查 · 2026-08-21
QCRarchived

质量控制

miQC

利用线粒体比例与检测基因数的联合关系建模低质量细胞概率。

适合用途

固定阈值不足以描述样本内质量连续变化时。

类型
软件包
难度
进阶
状态
正常维护
来源
同行评议
入口检查
已检查 · 2026-08-21
QCmitochondrialmodel

质量控制

scDblFinder

Bioconductor 双细胞检测工具,提供可复现评分与分类流程。

适合用途

Day 7 结合预期率和 marker 证据复核 doublet。

类型
软件包
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
doubletRBioconductor

质量控制

DecontX

估计并校正液滴数据中的环境 RNA 污染,同时保留污染比例用于审计。

适合用途

观察到跨细胞群不合理 marker 泄漏时。

类型
软件包
难度
进阶
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
ambient RNAcontaminationR

质量控制

NGS101: scRNA-seq QC tool comparison

在同一数据基础上比较 SoupX 与 DecontX、DoubletFinder 与 scDblFinder 的思路、调用结果和选择条件。

适合用途

单细胞路线节点4–6,在正式过滤前形成工具选择记录。

使用限制

算法一致不代表生物学正确;污染和doublet结果仍需逐样本、结合marker与实验信息复核。

类型
课程
难度
入门
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
待检查
SoupXDecontXDoubletFinderscDblFindercomparison

整合与多样本统计

OSCA Multi-sample

聚焦多样本单细胞设计、批次处理、pseudobulk、差异状态和丰度分析。

适合用途

Day 17–22 与教材多样本统计模块。

类型
系统教材
难度
进阶
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
integrationpseudobulkabundance

整合与多样本统计

Integration best practices

比较整合方法、评估指标与生物信号保留,避免只凭 UMAP 混合判断。

适合用途

Day 17 形成整合决策记录。

类型
系统教材
难度
进阶
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
integrationbatchevaluation

整合与多样本统计

Seurat integration

Seurat integration 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
官方文档
难度
进阶
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
RSeuratintegration

整合与多样本统计

NGS101: integration and clustering comparison

并列演示 CCA、RPCA、Harmony、FastMNN,并从批次混合和生物信号保留两方面比较结果。

适合用途

单细胞路线节点13,用于建立整合前后对照和方法决策表。

使用限制

教程中的最佳方法不一定适用于新数据;整合不能修复完全混杂,也不能代替样本感知统计。

类型
课程
难度
进阶
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
待检查
CCARPCAHarmonyFastMNNscVIclustering

整合与多样本统计

Differential expression best practices

解释单细胞条件差异分析的样本单位、pseudobulk 和模型选择。

适合用途

Day 19 设计样本感知差异表达。

类型
系统教材
难度
进阶
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
DEpseudobulkconditions

整合与多样本统计

Compositional analysis best practices

介绍细胞组成数据的总和约束、样本层级比较和不确定性。

适合用途

Day 20 比较样本间细胞组成。

类型
系统教材
难度
进阶
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
compositionabundancesamples

整合与多样本统计

muscat tutorial

面向多样本多亚群的差异状态分析,以样本聚合计数支持条件比较。

适合用途

有足够生物学重复的细胞类型内条件比较。

类型
软件包
难度
进阶
状态
正常维护
来源
同行评议
入口检查
已检查 · 2026-08-21
pseudobulkdifferential stateR

整合与多样本统计

dreamlet

为大规模单细胞 pseudobulk 数据提供线性混合模型与重复测量分析。

适合用途

存在配对、重复测量或复杂协变量设计时。

类型
软件包
难度
进阶
状态
正常维护
来源
同行评议
入口检查
已检查 · 2026-08-21
pseudobulkrepeated measuresR

整合与多样本统计

Milo

Milo 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
软件包
难度
进阶
状态
正常维护
来源
同行评议
入口检查
已检查 · 2026-08-21
differential abundanceneighborhoodR

细胞注释

Annotation best practices

结合 marker、参考映射、组织背景和不确定性建立细胞注释证据链。

适合用途

Day 14–18 的注释主教材。

类型
系统教材
难度
入门
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
markersreferenceuncertainty

细胞注释

SingleR Book

系统说明 SingleR 参考注释、标签诊断、参考选择和结果解释。

适合用途

参考映射与人工 marker 证据对照。

类型
系统教材
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
SingleRmappingdiagnostics

细胞注释

Azimuth

Azimuth 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
官方文档
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
需人工复核 · 2026-08-21
referencehumanmapping

细胞注释

Cell Ontology

Cell Ontology 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
官方文档
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
ontologylabelsIDs

细胞注释

scLET recommended usage

scLET recommended usage 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
官方文档
难度
进阶
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
Rannotationworkflow

细胞注释

UCell matrix vignette

UCell matrix vignette 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
软件包
难度
入门
状态
正常维护
来源
同行评议
入口检查
已检查 · 2026-08-21
gene setsscoringR

空间基础与平台

OSTA (Bioconductor)

空间转录组主教材,覆盖数据结构、QC、空间可视化、空间域、SVG、解卷积和邻域分析。

适合用途

作为空间学习路线骨架,从平台概念走到证据边界。

类型
系统教材
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型 / 成像型
分辨率
spot / bin / single-cell / subcellular
平台
Visium / Xenium / CosMx
输入
表达矩阵 / 空间坐标 / 组织图像 / 转录本坐标
任务
质量控制 / 空间域 / 解卷积 / 邻域分析
组织图像
取决于具体流程
OSTARspatial

空间基础与平台

OSTA author site (fallback)

OSTA 作者维护的备用入口,在 Bioconductor 主站不可用时提供同一教材访问路径。

适合用途

仅作为 OSTA 主入口的访问备用。

类型
系统教材
难度
入门
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型 / 成像型
分辨率
spot / single-cell
平台
Visium / Xenium
输入
表达矩阵 / 空间坐标 / 组织图像
任务
质量控制 / 空间域
组织图像
取决于具体流程
OSTAfallbackspatial

空间基础与平台

Spatial introduction

比较测序型与成像型空间技术的测量单位、分辨率、覆盖和解释限制。

适合用途

空间路线起点与 Day 23 平台比较。

类型
系统教材
难度
零基础
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型 / 成像型
分辨率
spot / bin / single-cell / subcellular
平台
platform-independent
输入
表达矩阵 / 空间坐标
任务
实验设计 / 结果解释
组织图像
取决于具体流程
spatialtechnologyfoundation

空间基础与平台

SpatialExperiment vignette

说明 Bioconductor 如何在 SpatialExperiment 中组织表达、坐标、图像与样本元数据。

适合用途

Day 24 审计空间对象与坐标对应关系。

类型
官方文档
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型 / 成像型
分辨率
spot / cell
平台
platform-independent
输入
表达矩阵 / 空间坐标 / 组织图像
任务
数据结构
组织图像
取决于具体流程
Rcontainercoordinates

空间基础与平台

SpatialData tutorials

SpatialData tutorials 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
官方文档
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型 / 成像型
分辨率
spot / cell / subcellular
平台
platform-independent
输入
表达矩阵 / 空间坐标 / 组织图像 / 转录本坐标
任务
数据结构 / 配准
组织图像
取决于具体流程
Pythoncontainerimages

空间基础与平台

Space Ranger outputs (vendor official)

Space Ranger outputs (vendor official) 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
官方文档
难度
入门
状态
正常维护
来源
厂商官方文档
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型
分辨率
spot / bin
平台
Visium / Visium HD
输入
FASTQ / 组织图像
任务
原始处理
组织图像
需要
10xVisiumoutputs

空间基础与平台

Xenium analysis docs (vendor official)

Xenium analysis docs (vendor official) 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
官方文档
难度
入门
状态
正常维护
来源
厂商官方文档
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
成像型
分辨率
single-cell / subcellular
平台
Xenium
输入
转录本坐标 / 组织图像 / 分割边界
任务
原始处理 / 分割
组织图像
需要
10xXeniumoutputs

空间基础与平台

Seurat spatial vignette

Seurat 官方 Visium 教程,演示空间对象导入、可视化、聚类和参考映射。

适合用途

R 用户的第一个 Visium 实操。

类型
官方文档
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型
分辨率
spot
平台
Visium
输入
表达矩阵 / 空间坐标 / 组织图像
任务
空间可视化 / 空间域 / 参考映射
组织图像
需要
RSeuratVisium

空间基础与平台

Emerging landscape of spatial profiling

Emerging landscape of spatial profiling 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
综述/论文
难度
入门
状态
正常维护
来源
同行评议
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型 / 成像型
分辨率
spot / cell / subcellular
平台
multiple
输入
综述资料
任务
平台选择
组织图像
不需要
reviewplatformsdesign

空间基础与平台

Spatial transcriptomics for tissue structure and function

Spatial transcriptomics for tissue structure and function 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
综述/论文
难度
入门
状态
正常维护
来源
同行评议
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型 / 成像型
分辨率
spot / cell
平台
multiple
输入
综述资料
任务
实验设计
组织图像
不需要
reviewtissuebiology

空间基础与平台

OSTA importing spatial data

说明如何把表达矩阵、空间坐标、组织图像和元数据导入一致的数据对象。

适合用途

Day 24 建立空间数据字典。

类型
系统教材
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型 / 成像型
分辨率
spot / cell
平台
multiple
输入
表达矩阵 / 空间坐标 / 组织图像
任务
数据结构
组织图像
取决于具体流程
OSTAimportobjects

空间基础与平台

OSTA sequencing-based QC

针对 spot/bin 测序型数据检查计数、组织覆盖、空间伪影与图像对应。

适合用途

Day 25 Visium 或 Visium HD 质控。

类型
系统教材
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型
分辨率
spot / bin
平台
Visium / Visium HD
输入
表达矩阵 / 空间坐标 / 组织图像
任务
质量控制
组织图像
需要
OSTAQCsequencing

空间基础与平台

OSTA imaging-based QC

针对成像型数据检查探针、转录本、细胞分割和空间异常。

适合用途

Xenium、CosMx 等成像型项目的质量检查。

类型
系统教材
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
成像型
分辨率
single-cell / subcellular
平台
Xenium / CosMx
输入
转录本坐标 / 组织图像 / 分割边界
任务
质量控制 / 分割
组织图像
需要
OSTAQCsegmentation

空间基础与平台

OSTA sequencing intermediate processing

讲解测序型空间数据的归一化、特征选择和中间处理。

适合用途

完成空间 QC 后准备域与特征分析。

类型
系统教材
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型
分辨率
spot / bin
平台
Visium / multiple
输入
表达矩阵 / 空间坐标
任务
normalization
组织图像
取决于具体流程
OSTAnormalizationfeatures

空间基础与平台

OSTA imaging technologies introduction

介绍成像型空间转录组的探针面板、转录本坐标、分割与平台差异。

适合用途

从 spot 数据扩展到单细胞和亚细胞空间数据。

类型
系统教材
难度
零基础
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
成像型
分辨率
single-cell / subcellular
平台
Xenium / CosMx / MERFISH
输入
转录本坐标 / 组织图像
任务
平台选择
组织图像
需要
OSTAimagingplatforms

空间基础与平台

OSTA Xenium workflow

用 Xenium 数据演示导入、质控、分割复核、空间域与邻域流程。

适合用途

完成第一条成像型空间分析练习。

类型
系统教材
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
成像型
分辨率
single-cell / subcellular
平台
Xenium
输入
转录本坐标 / 组织图像 / 分割边界
任务
质量控制 / 空间域 / 邻域图
组织图像
需要
OSTAXeniumworkflow

空间分析

Squidpy tutorials

Squidpy tutorials 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
官方文档
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型 / 成像型
分辨率
spot / cell
平台
multiple
输入
表达矩阵 / 空间坐标 / 组织图像
任务
邻域图 / 空间变异基因 / 空间可视化
组织图像
取决于具体流程
PythonneighborsMoran

空间分析

Spatial domains best practices

讨论空间域识别方法、评估方式及其与组织解剖区域的区别。

适合用途

Day 26 对照分子域与病理结构。

类型
系统教材
难度
进阶
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型 / 成像型
分辨率
spot / cell
平台
multiple
输入
表达矩阵 / 空间坐标
任务
空间域
组织图像
取决于具体流程
domainsregionsclustering

空间分析

Spatially variable genes best practices

解释空间自相关和空间变异基因方法,并区分空间模式与条件差异表达。

适合用途

Day 27 选择空间统计量并限定结论。

类型
系统教材
难度
进阶
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型 / 成像型
分辨率
spot / cell
平台
multiple
输入
表达矩阵 / 空间坐标
任务
空间变异基因
组织图像
不需要
SVGautocorrelationstatistics

空间分析

Spatial deconvolution best practices

比较空间解卷积的参考需求、输出含义、评估和常见失配。

适合用途

Day 28 区分标签转移分数与细胞类型比例。

类型
系统教材
难度
进阶
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型
分辨率
spot / bin
平台
Visium / multiple
输入
表达矩阵 / 空间坐标 / 单细胞参考
任务
解卷积
组织图像
取决于具体流程
deconvolutionreferenceproportions

空间分析

Neighborhood analysis best practices

介绍细胞邻接图、富集和共定位分析,并强调邻近证据的边界。

适合用途

Day 29 成像型单细胞空间邻域分析。

类型
系统教材
难度
进阶
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
成像型
分辨率
cell
平台
Xenium / MERFISH / CosMx
输入
细胞标签 / 空间坐标
任务
邻域分析
组织图像
取决于具体流程
neighborscolocalizationassociation

空间分析

Tangram tutorial

Tangram tutorial 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
官方文档
难度
进阶
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型
分辨率
spot
平台
multiple
输入
空间表达矩阵 / 单细胞参考
任务
参考映射
组织图像
取决于具体流程
Pythonmappingreference

空间分析

LIANA+

LIANA+ 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
软件包
难度
进阶
状态
正常维护
来源
同行评议
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型 / 成像型
分辨率
spot / cell
平台
multiple
输入
表达矩阵 / 空间坐标
任务
空间通信
组织图像
取决于具体流程
communicationPythonhypotheses

空间分析

PASTE

PASTE 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
软件包
难度
进阶
状态
正常维护
来源
同行评议
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型
分辨率
spot
平台
multiple
输入
表达矩阵 / 空间坐标
任务
配准
组织图像
取决于具体流程
registrationslicesalignment

空间分析

Giotto Suite

覆盖测序型与成像型空间数据的综合 R 工具套件,支持域、邻域和通信等任务。

适合用途

完成 OSTA 基础后比较综合工具生态。

类型
软件包
难度
进阶
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型 / 成像型
分辨率
spot / bin / cell
平台
Visium / Xenium / MERFISH / Stereo-seq
输入
表达矩阵 / 空间坐标 / 组织图像
任务
空间域 / 邻域图 / 空间通信
组织图像
取决于具体流程
Rspatialsuite

空间分析

OSTA clustering and annotation

统一比较空间数据中的聚类、空间域识别与细胞类型注释。

适合用途

避免把无监督簇直接命名为解剖区域。

类型
系统教材
难度
进阶
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型 / 成像型
分辨率
spot / cell
平台
multiple
输入
表达矩阵 / 空间坐标
任务
空间域
组织图像
取决于具体流程
OSTAclusteringannotation

空间分析

OSTA DLPFC workflow

以人脑 Visium DLPFC 数据演示空间 QC、区域识别与结果解释。

适合用途

配合明确的小型练习数据完成空间工作流。

类型
课程
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型
分辨率
spot
平台
Visium
输入
表达矩阵 / 空间坐标 / 组织图像
任务
质量控制 / 空间域
组织图像
需要
OSTADLPFCVisium

空间分析

OSTA spatial feature testing

介绍空间特征选择与检验问题,明确统计假设和多重检验。

适合用途

为 SVG 结果建立可审计的检验记录。

类型
系统教材
难度
进阶
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型 / 成像型
分辨率
spot / cell
平台
multiple
输入
表达矩阵 / 空间坐标
任务
空间变异基因
组织图像
不需要
OSTASVGtesting

空间分析

OSTA spatial statistics

建立空间权重、空间自相关与局部结构统计的基础。

适合用途

理解 Moran's I 等结果依赖的邻接定义。

类型
系统教材
难度
进阶
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型 / 成像型
分辨率
spot / cell
平台
multiple
输入
表达矩阵 / 空间坐标
任务
空间变异基因 / 邻域图
组织图像
不需要
OSTAstatisticsautocorrelation

空间分析

Squidpy Moran's I tutorial

Squidpy Moran's I tutorial 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
官方文档
难度
进阶
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型 / 成像型
分辨率
spot / cell
平台
multiple
输入
表达矩阵 / 空间坐标
任务
空间变异基因
组织图像
不需要
SquidpyMoranPython

空间分析

Squidpy spatial neighbors tutorial

Squidpy spatial neighbors tutorial 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
官方文档
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型 / 成像型
分辨率
spot / cell
平台
multiple
输入
空间坐标
任务
邻域图
组织图像
不需要
SquidpyneighborsPython

空间分析

OSTA deconvolution

以 OSTA 框架说明 spot 解卷积的参考构建、运行与结果诊断。

适合用途

完成一条有参考兼容性检查的解卷积流程。

类型
系统教材
难度
进阶
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型
分辨率
spot
平台
Visium / multiple
输入
表达矩阵 / 单细胞参考
任务
解卷积
组织图像
取决于具体流程
OSTAdeconvolutionreference

空间分析

OSTA neighborhood analysis

面向成像型空间数据构建邻域并检验细胞类型局部关联。

适合用途

把坐标转化为可解释的局部关联证据。

类型
系统教材
难度
进阶
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
成像型
分辨率
single-cell
平台
Xenium / CosMx
输入
细胞标签 / 空间坐标
任务
邻域分析
组织图像
取决于具体流程
OSTAneighborhoodsimaging

空间分析

OSTA cell-cell communication

讨论空间细胞通信分析的输入、配体受体假设与验证边界。

适合用途

在邻近证据之外谨慎生成通信假设。

类型
系统教材
难度
进阶
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
成像型
分辨率
single-cell
平台
Xenium / CosMx
输入
表达矩阵 / 空间坐标
任务
空间通信
组织图像
取决于具体流程
OSTAcommunicationevidence

空间分析

OSTA cross-section registration

介绍跨切片配准、坐标变换、图像线索和误差诊断。

适合用途

多切片比较前检查组织结构是否可靠对齐。

类型
系统教材
难度
进阶
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
技术类型 / 任务
技术类型
测序型 / 成像型
分辨率
spot / cell
平台
multiple
输入
空间坐标 / 组织图像
任务
配准
组织图像
需要
OSTAregistrationsections

进阶方法

CellChat

CellChat 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
软件包
难度
进阶
状态
正常维护
来源
同行评议
入口检查
已检查 · 2026-08-21
communicationligand-receptorR

进阶方法

inferCNV

inferCNV 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
软件包
难度
进阶
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
CNVtumorreference

进阶方法

Monocle 2 documentation (historical)

Monocle 2 的历史文档,用于理解旧项目中的轨迹与伪时间实现。

适合用途

维护或复核旧分析时识别对象与参数。

使用限制

仅用于理解旧项目;新项目不要默认采用这套旧文档。

类型
官方文档
难度
进阶
状态
历史资料
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
trajectorypseudotimehistorical

进阶方法

omicverse

omicverse 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
软件包
难度
进阶
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
Pythonmulti-omicsspatial

可视化

plot1cell

plot1cell 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
软件包
难度
进阶
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
Rfigureslayout

可视化

scCustomize

scCustomize 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
软件包
难度
入门
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
RSeuratplots

可视化

dittoSeq

dittoSeq 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
软件包
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
RBioconductorplots

可视化

Scillus

Scillus 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
软件包
难度
进阶
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
Rhelpersplots

可视化

scop

scop 已纳入结构化目录;具体章节摘要仍在深化。

适合用途

先按类型、难度与标签判断是否匹配当前任务,并阅读原始说明。

使用限制

摘要待深化;当前卡片不替代原始文档。

摘要待深化
类型
软件包
难度
进阶
状态
正常维护
来源
社区资料
入口检查
已检查 · 2026-08-21
Rvisualizationsingle-cell

公开数据与练习

CZ CELLxGENE Discover

可按组织、疾病和细胞类型浏览并下载标准化单细胞集合的公共入口。

适合用途

先探索数据覆盖,再选择可下载集合。

类型
练习数据
难度
零基础
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
public databrowserdownload

公开数据与练习

Single Cell Expression Atlas

EBI 单细胞表达数据入口,可检索研究、表达结果与关联元数据。

适合用途

按研究问题检索公开数据并复核样本信息。

类型
练习数据
难度
零基础
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
已检查 · 2026-08-21
public dataEBIbrowser

公开数据与练习

10x PBMC 3K dataset

经典小型 10x PBMC 数据集,提供可直接导入的矩阵和原始文件入口。

适合用途

完成 Seurat 或 Scanpy 第一轮端到端练习。

使用限制

单供体数据适合流程练习,不支持供体层面的条件推断。

类型
练习数据
难度
零基础
状态
正常维护
来源
厂商官方文档
入口检查
待检查
数据层级 / 配套任务
物种
Human
组织
Peripheral blood
供体数
1
样本数
1
平台
Chromium 3' v1
数据层级
FASTQ and filtered matrix
许可证
See 10x dataset terms
预计下载量
Matrix under 100 MB; FASTQ several GB
配套任务
Seurat or Scanpy introductory workflow
PBMC3K10xsmall dataset

公开数据与练习

10x human lymph node Visium dataset

带组织图像和 Space Ranger 输出的人淋巴结 Visium 示例数据。

适合用途

练习空间导入、图像配准检查、QC 和基础可视化。

类型
练习数据
难度
入门
状态
正常维护
来源
厂商官方文档
入口检查
待检查
数据层级 / 配套任务
物种
Human
组织
Lymph node
供体数
1
样本数
1 section
平台
Visium
数据层级
Space Ranger outputs and image
许可证
See 10x dataset terms
预计下载量
Approximately 1-3 GB by selected files
配套任务
Spatial object import, QC, and visualization
Visium10xtissue image

公开数据与练习

NCBI Gene Expression Omnibus

NCBI 通用表达数据档案,可通过 accession 获取研究元数据、处理矩阵和原始文件。

适合用途

按 accession 审计公开研究的样本设计和可复用数据层。

类型
练习数据
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
待检查
数据层级 / 配套任务
物种
Multiple
组织
Multiple
供体数
Study dependent
样本数
Study dependent
平台
Multiple
数据层级
Raw and processed, study dependent
许可证
Study and NCBI terms
预计下载量
Study dependent
配套任务
Find an accession and audit its metadata
GEOarchiveaccession

公开数据与练习

Human Cell Atlas Data Portal

Human Cell Atlas 项目与数据集合入口,提供标准化的人体细胞图谱元数据和下载。

适合用途

按组织、项目和实验设计寻找多供体人类数据。

类型
练习数据
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
待检查
数据层级 / 配套任务
物种
Human
组织
Multiple
供体数
Collection dependent
样本数
Collection dependent
平台
Multiple single-cell platforms
数据层级
Project metadata and downloadable data
许可证
Project dependent
预计下载量
Collection dependent
配套任务
Compare study metadata and experimental units
HCAhuman atlasportal

公开数据与练习

Broad Single Cell Portal

Broad 公共单细胞研究浏览器,可先查看细胞注释、marker 和嵌入再评估下载。

适合用途

快速判断一个公开研究是否匹配练习问题。

类型
练习数据
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
待检查
数据层级 / 配套任务
物种
Multiple
组织
Multiple
供体数
Study dependent
样本数
Study dependent
平台
Multiple
数据层级
Interactive results and selected downloads
许可证
Study dependent
预计下载量
Study dependent
配套任务
Explore markers before selecting a dataset
Broadbrowserstudies

公开数据与练习

HuBMAP Data Portal

HuBMAP 人体组织单细胞与空间多组学入口,可按 assay、器官和数据层级筛选。

适合用途

寻找带空间或组织结构信息的人体公开数据。

类型
练习数据
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
待检查
数据层级 / 配套任务
物种
Human
组织
Multiple
供体数
Dataset dependent
样本数
Dataset dependent
平台
Single-cell and spatial multi-omics
数据层级
Raw, processed, and derived data
许可证
Dataset dependent
预计下载量
Dataset dependent
配套任务
Filter datasets by assay and data level
HuBMAPspatialhuman tissue

公开数据与练习

Visium DLPFC data via spatialLIBD

spatialLIBD 提供的 12 张人脑 DLPFC Visium 切片,是空间域分析的常用练习数据。

适合用途

配合 OSTA DLPFC 章节复现空间域流程。

类型
练习数据
难度
入门
状态
正常维护
来源
项目官方
入口检查
待检查
数据层级 / 配套任务
物种
Human
组织
Dorsolateral prefrontal cortex
供体数
3
样本数
12 sections
平台
Visium
数据层级
Processed SpatialExperiment data
许可证
Artistic-2.0 package; source study terms apply
预计下载量
R data package; check current package size
配套任务
OSTA DLPFC domains workflow
DLPFCVisiumBioconductor