单细胞与空间组学知识库
每日引导式实践

30 天完成一次引导式入门分析

本计划不承诺30天掌握完整分析，而是建立一条可审计的单细胞工作流，并理解进入空间分析所需的概念。

建议节奏：每天 45–90 分钟

已完成天数

0 / 30

进度只保存在本设备，不会同步到登录账户。

01

能够审计并解释一条单细胞工作流

02

使用样本感知比较和注释证据链

03

理解空间输入、任务和证据边界

DAY 01–08

问题、对象与质控

0 / 8 本阶段已完成

定义单位并诊断空液滴、环境RNA、细胞质量和doublet。

1

界定生物学问题

当前任务

写清条件、组织、目标群体、实验单位和主要比较。

一页分析问题书60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：一页分析问题书。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

Single-cell best practices
遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

实验单位没有分清。

先分别画出供体、样本、文库和细胞层级，再定义比较。

当条件信息只挂在细胞或 barcode 上时查看。

metadata 与矩阵 ID 错位。

检查矩阵方向、基因与细胞 ID 唯一性，并保存显式 join 报告。

当维度或元数据出现意外缺失时查看。

2

梳理样本与重复

画出供体—样本—文库—细胞层级，标记批次和潜在混杂。

样本层级图与设计表60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：样本层级图与设计表。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

Single-cell best practices

前置任务: day-01

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

实验单位没有分清。

先分别画出供体、样本、文库和细胞层级，再定义比较。

当条件信息只挂在细胞或 barcode 上时查看。

metadata 与矩阵 ID 错位。

检查矩阵方向、基因与细胞 ID 唯一性，并保存显式 join 报告。

当维度或元数据出现意外缺失时查看。

3

检查矩阵与对象

审计维度、稀疏性、基因ID、barcode、元数据、assay和layer。

数据字典与对象审计表60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：数据字典与对象审计表。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

Single-cell best practicesGSE131907：完整综合项目

前置任务: day-02

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

实验单位没有分清。

先分别画出供体、样本、文库和细胞层级，再定义比较。

当条件信息只挂在细胞或 barcode 上时查看。

metadata 与矩阵 ID 错位。

检查矩阵方向、基因与细胞 ID 唯一性，并保存显式 join 报告。

当维度或元数据出现意外缺失时查看。

4

理解空液滴

比较raw和filtered矩阵，解释为何低count barcode不能只靠单一阈值。

空液滴决策记录60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：空液滴决策记录。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

Quality control best practicesGSE131907：完整综合项目

前置任务: day-03

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

导入后的 QC 指标与预期不同。

确认使用 raw 还是 filtered 矩阵，并核对物种对应的线粒体基因命名。

当 count 或线粒体比例与教程不一致时查看。

统一阈值过度删除某个样本。

逐样本查看分布，并把 doublet 与 ambient RNA 证据分开审计。

应用全局 QC 阈值前查看。

5

评估环境 RNA

查找不合理的marker泄漏，记录污染证据和局限。

环境RNA证据表60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：环境RNA证据表。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

Quality control best practicesGSE131907：完整综合项目

前置任务: day-04

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

导入后的 QC 指标与预期不同。

确认使用 raw 还是 filtered 矩阵，并核对物种对应的线粒体基因命名。

当 count 或线粒体比例与教程不一致时查看。

统一阈值过度删除某个样本。

逐样本查看分布，并把 doublet 与 ambient RNA 证据分开审计。

应用全局 QC 阈值前查看。

6

建立细胞级 QC 视图

按样本绘制count、feature、线粒体和复杂度指标。

按样本分面的QC图60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：按样本分面的QC图。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

Quality control best practicesGSE131907：完整综合项目

前置任务: day-05

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

导入后的 QC 指标与预期不同。

确认使用 raw 还是 filtered 矩阵，并核对物种对应的线粒体基因命名。

当 count 或线粒体比例与教程不一致时查看。

统一阈值过度删除某个样本。

逐样本查看分布，并把 doublet 与 ambient RNA 证据分开审计。

应用全局 QC 阈值前查看。

7

复核 doublet 证据

结合预期率、评分、样本背景和异型marker组合。

doublet复核表60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：doublet复核表。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

Quality control best practicesGSE131907：完整综合项目

前置任务: day-06

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

导入后的 QC 指标与预期不同。

确认使用 raw 还是 filtered 矩阵，并核对物种对应的线粒体基因命名。

当 count 或线粒体比例与教程不一致时查看。

统一阈值过度删除某个样本。

逐样本查看分布，并把 doublet 与 ambient RNA 证据分开审计。

应用全局 QC 阈值前查看。

8

完成 QC 检查点

按样本汇总保留细胞，并把所有排除规则标记为示例阈值。

可复现QC备忘录60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：可复现QC备忘录。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

Quality control best practicesGSE131907：完整综合项目

前置任务: day-07

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

导入后的 QC 指标与预期不同。

确认使用 raw 还是 filtered 矩阵，并核对物种对应的线粒体基因命名。

当 count 或线粒体比例与教程不一致时查看。

统一阈值过度删除某个样本。

逐样本查看分布，并把 doublet 与 ambient RNA 证据分开审计。

应用全局 QC 阈值前查看。

DAY 09–13

表示与聚类

0 / 5 本阶段已完成

完成归一化、特征与PC选择、邻居图和聚类复核。

9

归一化且不混用数据层

运行一条有文档依据的流程，标记raw、normalized和scaled数据。

数据层地图与归一化对象60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：数据层地图与归一化对象。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

Seurat v5 PBMC3K tutorialGSE131907：完整综合项目

前置任务: day-08

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

归一化、PCA 或聚类结果不稳定。

确认每一步使用的数据层，再检查 HVG、PC 载荷和样本关联。

参数轻微变化就重排嵌入时查看。

把 UMAP 分离当成结论。

回到 PC 邻居图、聚类稳定性、marker 和样本组成。

解释主要依赖二维视觉距离时查看。

10

选择信息特征

检查高变基因，并记录技术或组织特异驱动因素。

特征选择说明60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：特征选择说明。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

Seurat v5 PBMC3K tutorialGSE131907：完整综合项目

前置任务: day-09

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

归一化、PCA 或聚类结果不稳定。

确认每一步使用的数据层，再检查 HVG、PC 载荷和样本关联。

参数轻微变化就重排嵌入时查看。

把 UMAP 分离当成结论。

回到 PC 邻居图、聚类稳定性、marker 和样本组成。

解释主要依赖二维视觉距离时查看。

11

检查 PCA 并选择 PC

结合载荷、方差、样本关联和敏感性选择PC。

有依据的PC范围60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：有依据的PC范围。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

Seurat v5 PBMC3K tutorialGSE131907：完整综合项目

前置任务: day-10

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

归一化、PCA 或聚类结果不稳定。

确认每一步使用的数据层，再检查 HVG、PC 载荷和样本关联。

参数轻微变化就重排嵌入时查看。

把 UMAP 分离当成结论。

回到 PC 邻居图、聚类稳定性、marker 和样本组成。

解释主要依赖二维视觉距离时查看。

12

构建邻居图与 UMAP

在PC空间构建邻居图，只把UMAP作为展示。

降维诊断图组60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：降维诊断图组。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

Seurat v5 PBMC3K tutorialGSE131907：完整综合项目

前置任务: day-11

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

归一化、PCA 或聚类结果不稳定。

确认每一步使用的数据层，再检查 HVG、PC 载荷和样本关联。

参数轻微变化就重排嵌入时查看。

把 UMAP 分离当成结论。

回到 PC 邻居图、聚类稳定性、marker 和样本组成。

解释主要依赖二维视觉距离时查看。

13

测试图聚类

比较分辨率、样本组成和小群体稳定性。

聚类稳定性表60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：聚类稳定性表。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

Seurat v5 PBMC3K tutorialGSE131907：完整综合项目

前置任务: day-12

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

归一化、PCA 或聚类结果不稳定。

确认每一步使用的数据层，再检查 HVG、PC 载荷和样本关联。

参数轻微变化就重排嵌入时查看。

把 UMAP 分离当成结论。

回到 PC 邻居图、聚类稳定性、marker 和样本组成。

解释主要依赖二维视觉距离时查看。

DAY 14–18

注释证据

0 / 5 本阶段已完成

从marker对比走到经过复核、带置信度的标签。

14

定义 marker 对比

对明确对比计算marker，同时查看效应量和检测比例。

marker证据排序表60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：marker证据排序表。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

Annotation best practicesGSE131907：完整综合项目

前置任务: day-13

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

marker 与参考标签冲突。

核对 marker 对比、负 marker、组织背景与参考兼容性，并保留 uncertain。

标签只由一个 top marker 或映射分数决定时查看。

整合抹掉了生物差异。

用定量指标比较整合前后生物信号保留和批次混合。

整合后条件变得无法区分时查看。

15

起草宽分类注释

结合阳性与负marker、组织背景和层级标签。

初版注释证据表60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：初版注释证据表。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

Annotation best practicesGSE131907：完整综合项目

前置任务: day-14

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

marker 与参考标签冲突。

核对 marker 对比、负 marker、组织背景与参考兼容性，并保留 uncertain。

标签只由一个 top marker 或映射分数决定时查看。

整合抹掉了生物差异。

用定量指标比较整合前后生物信号保留和批次混合。

整合后条件变得无法区分时查看。

16

检查参考映射

将参考候选与人工证据对照，保留unknown和uncertain。

映射一致性表60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：映射一致性表。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

Annotation best practicesGSE131907：完整综合项目

前置任务: day-15

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

marker 与参考标签冲突。

核对 marker 对比、负 marker、组织背景与参考兼容性，并保留 uncertain。

标签只由一个 top marker 或映射分数决定时查看。

整合抹掉了生物差异。

用定量指标比较整合前后生物信号保留和批次混合。

整合后条件变得无法区分时查看。

17

诊断整合与批次

同时评估样本混合与生物信号保留，不只看UMAP混合。

整合决策记录60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：整合决策记录。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

Annotation best practicesGSE131907：完整综合项目

前置任务: day-16

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

marker 与参考标签冲突。

核对 marker 对比、负 marker、组织背景与参考兼容性，并保留 uncertain。

标签只由一个 top marker 或映射分数决定时查看。

整合抹掉了生物差异。

用定量指标比较整合前后生物信号保留和批次混合。

整合后条件变得无法区分时查看。

18

复核注释证据链

重新检查QC、聚类稳定性、样本平衡、marker、参考和置信度。

复核后的注释登记表60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：复核后的注释登记表。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

Annotation best practicesGSE131907：完整综合项目

前置任务: day-17

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

marker 与参考标签冲突。

核对 marker 对比、负 marker、组织背景与参考兼容性，并保留 uncertain。

标签只由一个 top marker 或映射分数决定时查看。

整合抹掉了生物差异。

用定量指标比较整合前后生物信号保留和批次混合。

整合后条件变得无法区分时查看。

DAY 19–22

样本感知结果

0 / 4 本阶段已完成

练习DE、组成、可视化和一个进阶选修专题。

19

设计样本感知 DE

定义细胞类型、条件对比、协变量和pseudobulk样本单位。

DE设计与count审计60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：DE设计与count审计。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

OSCA Multi-sampleGSE131907：完整综合项目

前置任务: day-18

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

把细胞当成生物学重复。

恢复 sample ID，按样本和细胞类型聚合 raw counts，并复核设计矩阵。

进行条件层面的 DE 前查看。

比例或选修方法被过度解释。

说明组成约束，并确认通信、CNV 或轨迹三选一方法满足进入前提。

从关联推进到生物学结论前查看。

20

比较细胞组成

按样本汇总细胞数和比例，并说明组成约束。

样本层面的组成图60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：样本层面的组成图。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

OSCA Multi-sampleGSE131907：完整综合项目

前置任务: day-19

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

把细胞当成生物学重复。

恢复 sample ID，按样本和细胞类型聚合 raw counts，并复核设计矩阵。

进行条件层面的 DE 前查看。

比例或选修方法被过度解释。

说明组成约束，并确认通信、CNV 或轨迹三选一方法满足进入前提。

从关联推进到生物学结论前查看。

21

清楚表达结果

用样本点、效应量、不确定性和无歧义图注制作结果图。

紧凑的结果图集60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：紧凑的结果图集。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

OSCA Multi-sampleGSE131907：完整综合项目

前置任务: day-20

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

把细胞当成生物学重复。

恢复 sample ID，按样本和细胞类型聚合 raw counts，并复核设计矩阵。

进行条件层面的 DE 前查看。

比例或选修方法被过度解释。

说明组成约束，并确认通信、CNV 或轨迹三选一方法满足进入前提。

从关联推进到生物学结论前查看。

22

选择一个进阶选修专题

选修：专题三选一

只在输入和假设匹配时，从通信、CNV、轨迹中三选一。

一页方法进入条件与证据边界备忘录45 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：一页方法进入条件与证据边界备忘录。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

OSCA Multi-sample

前置任务: day-21

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

把细胞当成生物学重复。

恢复 sample ID，按样本和细胞类型聚合 raw counts，并复核设计矩阵。

进行条件层面的 DE 前查看。

比例或选修方法被过度解释。

说明组成约束，并确认通信、CNV 或轨迹三选一方法满足进入前提。

从关联推进到生物学结论前查看。

DAY 23–27

空间基础

0 / 5 本阶段已完成

理解平台、对象、QC、空间域和空间特征。

23

比较空间技术类别

按分辨率、覆盖、图像需求和测量单位比较测序型与成像型平台。

平台比较表60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：平台比较表。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

OSTA

前置任务: day-22

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

坐标、图像与表达错位。

分析前审计坐标约定、scale factor、sample ID、方向和图像配准。

空间模式与组织形态不吻合时查看。

空间结果被赋予了错误含义。

spot 不是细胞，SVG 不是条件 DE，标签转移分数不是比例，邻近也不是通信。

撰写生物学结论前查看。

24

审计空间数据对象

对应表达、坐标、图像、scale factor、分割和样本元数据。

空间数据字典60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：空间数据字典。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

OSTA空间三篇：完整引导练习

前置任务: day-23

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

坐标、图像与表达错位。

分析前审计坐标约定、scale factor、sample ID、方向和图像配准。

空间模式与组织形态不吻合时查看。

空间结果被赋予了错误含义。

spot 不是细胞，SVG 不是条件 DE，标签转移分数不是比例，邻近也不是通信。

撰写生物学结论前查看。

25

执行空间与图像 QC

映射质量指标、组织伪影、配准、探针和分割检查。

空间QC图组60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：空间QC图组。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

OSTA空间三篇：完整引导练习

前置任务: day-24

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

坐标、图像与表达错位。

分析前审计坐标约定、scale factor、sample ID、方向和图像配准。

空间模式与组织形态不吻合时查看。

空间结果被赋予了错误含义。

spot 不是细胞，SVG 不是条件 DE，标签转移分数不是比例，邻近也不是通信。

撰写生物学结论前查看。

26

探索空间域

将分子域与病理对照，区分聚类和解剖区域。

带注释的区域图60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：带注释的区域图。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

OSTA空间三篇：完整引导练习

前置任务: day-25

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

坐标、图像与表达错位。

分析前审计坐标约定、scale factor、sample ID、方向和图像配准。

空间模式与组织形态不吻合时查看。

空间结果被赋予了错误含义。

spot 不是细胞，SVG 不是条件 DE，标签转移分数不是比例，邻近也不是通信。

撰写生物学结论前查看。

27

检验空间变异特征

选择空间统计量，并解释它与条件DE的区别。

SVG结果与解释60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：SVG结果与解释。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

OSTA空间三篇：完整引导练习

前置任务: day-26

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

坐标、图像与表达错位。

分析前审计坐标约定、scale factor、sample ID、方向和图像配准。

空间模式与组织形态不吻合时查看。

空间结果被赋予了错误含义。

spot 不是细胞，SVG 不是条件 DE，标签转移分数不是比例，邻近也不是通信。

撰写生物学结论前查看。

DAY 28–30

空间解释与结题

0 / 3 本阶段已完成

比较映射和解卷积，评估邻域，并形成报告。

28

比较映射与解卷积

检查参考兼容性，区分prediction score与cell-type proportion。

标签转移与解卷积对照表60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：标签转移与解卷积对照表。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

OSTA空间三篇：完整引导练习

前置任务: day-27

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

坐标、图像与表达错位。

分析前审计坐标约定、scale factor、sample ID、方向和图像配准。

空间模式与组织形态不吻合时查看。

空间结果被赋予了错误含义。

spot 不是细胞，SVG 不是条件 DE，标签转移分数不是比例，邻近也不是通信。

撰写生物学结论前查看。

29

评估邻域与通信表述

检验局部关联，同时明确邻近不是通信的直接证据。

邻域证据与局限备忘录60 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：邻域证据与局限备忘录。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

OSTA

前置任务: day-28

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

坐标、图像与表达错位。

分析前审计坐标约定、scale factor、sample ID、方向和图像配准。

空间模式与组织形态不吻合时查看。

空间结果被赋予了错误含义。

spot 不是细胞，SVG 不是条件 DE，标签转移分数不是比例，邻近也不是通信。

撰写生物学结论前查看。

30

交付结题报告

整理README、数据字典、参数、可运行步骤、QC、证据表、结果和局限。

可复现的入门项目120 分钟

操作步骤

  1. 1.阅读指定章节，并写下其中的输入与假设。
  2. 2.在小型数据、分析对象或给定结果上完成任务。
  3. 3.保存产出、参数和至少一条解释边界。

完成标准

  • 已经形成明确产出：可复现的入门项目。
  • 输入、单位、参数和局限均有记录。
  • 能够解释这一步为何属于当前工作流。

今日阅读

OSTAGSE131907：完整综合项目

前置任务: day-29

遇到困难时

仅在结果与预期不一致或无法继续时查看。

坐标、图像与表达错位。

分析前审计坐标约定、scale factor、sample ID、方向和图像配准。

空间模式与组织形态不吻合时查看。

空间结果被赋予了错误含义。

spot 不是细胞，SVG 不是条件 DE，标签转移分数不是比例，邻近也不是通信。

撰写生物学结论前查看。